中学生休学的程序如下：
申请休学
由学生本人及其父母或其他监护人填写《中小学生休学复学申请表》，向学校提出休学申请。
因病申请休学的，应出具县级以上医疗单位证明（需有建议休学的意见）、病历及医疗收费发票等；因其他特殊原因休学的，应提供有关证明材料。
审核休学条件
学校认真审核学生休学条件及相关证明材料，确保符合教育部门的相关规定。
对于同意休学的，由学校在全国学籍系统中发起休学申请（需上传相关证明材料原件的电子照片）；不符合条件的，学校要做好解释工作。
核办休学
学校主管教育行政部门在全国学籍系统中核办休学申请。
休学期限一般为一学年，休学期满仍不能复学的，可申请延长一年。毕业年级下学期一般不办理休学手续。
办理休学手续
学校出具加盖公章的休学证明书。
到教育局教育科签署意见，并加盖学籍专用章。
休学期间，学校保留其学籍，直至休学结束或其他处理决定。
复学手续
休学一年期满后，监护人提出复学申请，由学校为学生开具《义务教育复学申请表》，加盖学籍章后，到学校上一级教育主管部门核办，并加盖学籍章。
复学时由家长持市级以上诊断证明及家长书面申请书上交学校，经校长同意后，学籍管理人员报到上级部门具体办理，方可复学，复学后编入下一年级学习。
其他注意事项
休学原则上在每学期开学后第一周内办理，休学以一年为期。
学生因病休学，疾病情况必须记入学籍卡片，并由学校在学生报考高一级学校时，如实填写体检表中“既往病史”栏目。
休学期满不能按时复学的，须在休学期满前半个月内凭有关证明材料办理延期休学手续，经学校同意，可继续休学。不按时复学或逾期不办理延期休学手续的，学校应查清其去向，然后将其学籍注销。否则，将做流失处理，其流失率记入休学人班级。
以上流程仅供参考，具体操作可能因地区和学校而异。建议提前咨询当地教育行政部门或学校获取详细信息。