程序不合法的原因可能包括以下几点：
未提前通知员工
用人单位在辞退员工时，通常需要提前一定时间告知员工，给予其合理的准备时间。若未履行此义务，程序便可能被认定为不合法。
缺乏充分的证据支持辞退决定
用人单位需有确凿的证据证明员工存在严重违反规章制度等可辞退的情形，否则随意辞退员工，程序必然存在问题。
未给予员工申辩的机会
在辞退过程中，应保障员工有陈述和申辩的权利，用人单位应认真听取员工的意见和解释，而不能单方面决定辞退且不给予员工任何辩解的机会。
未按照法定程序进行操作
比如，对于一些特定情形的辞退，需要经过特定的审批流程或向相关部门报备等，若未履行这些程序，也会使得辞退员工程序不合法。
通知环节存在瑕疵
未提前足够的时间以书面形式通知员工即将被辞退的事宜，或通知形式不当，就可能导致程序的不合法。
解除劳动关系的理由不充分或不合理
若辞退理由与员工的工作表现或公司的经营状况等相关，理由不充分或与实际情况不符，也会使辞退程序存在瑕疵。
歧视性或报复性辞退
若企业以歧视性、报复性等不正当理由进行辞退，更是明显违反了法律规定，给员工的合法权益带来了严重损害。
综上所述，程序不合法的原因多种多样，企业必须严格遵守相关法律法规，确保辞退程序的合法性，以避免引发不必要的法律纠纷。