兖州劳动仲裁程序主要包括以下几个步骤：
提出申请
当事人在规定的时效内向劳动争议仲裁委员会提交请求仲裁的书面申请。
案件受理
仲裁委员会在收到仲裁申请后，应在五日内做出受理或不受理的决定，并通知申请人。
调查取证
调查取证的目的是收集有关证据和材料，查明争议事实，为下一步的调解或裁决做好准备工作。这包括撰写调查提纲、进行有针对性的调查取证、核实调查结果和有关证据等。
调解
仲裁庭在查明事实的基础上，首先要做调解工作，努力促使双方当事人自愿达成协议。如果达成协议，仲裁庭还需制作仲裁调解书。
裁决
如果调解无效或仲裁调解书送达前当事人反悔，调解失败，则进入裁决阶段。仲裁庭的裁决要通过召开仲裁会议的形式做出，一般要经过庭审调查、双方辩论和陈述等过程，最后由仲裁员对争议事实进行充分协商，按照少数服从多数的原则做出裁决。裁决后应制作调解裁决书。当事人对裁决不服的，可在规定时间内向法院起诉。
其他相关程序
包括接受申请材料、审查受理及组庭、当事人预缴仲裁费、接受答辩及反诉、开庭审理、结案等。
总结起来，兖州劳动仲裁程序包括提出申请、案件受理、调查取证、调解、裁决等步骤，旨在公正、及时地解决劳动争议，维护当事人的合法权益。