船舶超载的处罚程序主要包括以下几个方面：
责令改正
船舶超载后，首先会被责令改正，即要求船舶所有人或经营人立即采取措施，确保船舶不再超载。
罚款
船舶超载的处罚通常包括对船舶所有人或经营人处以罚款，金额根据超载程度、船舶类型等因素而定。一般罚款范围在数万元到数十万元不等，严重超载的情况下，罚款可能高达数十万元甚至更高。此外，对于多次超载或情节特别严重的，还可能面临暂扣船舶证书、责令停航等更严厉的处罚措施。
对船长的处罚
船长作为船舶的直接负责人，也会受到相应的处罚。一般来说，船长会被处以2000元以上2万元以下的罚款。情节严重的，还可能扣留船员适任证书6个月至24个月，甚至吊销船员适任证书。
扣留船员适任证书
对于情节严重的超载行为，除了罚款和可能的停航外，还可能扣留船员的适任证书，时间从6个月到24个月不等，严重者甚至会被吊销船员适任证书。
法律依据
船舶超载的处罚依据《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国内河交通安全管理条例》等相关法律法规进行。这些法规明确规定了船舶必须遵守的技术要求和载货或载客条件，任何超载行为都是违法的。
综上所述，船舶超载的处罚程序包括责令改正、罚款、对船长的处罚、扣留船员适任证书，并依据相关法律法规进行。处罚的严重程度取决于超载的具体情况和相关法规的规定。