在禁飞区进行航拍需要遵循以下程序：
提前申请许可
向厦门市民航局提交航拍许可申请，包括详细的拍摄计划（时间、地点、内容等），并购买必要的航拍保险。
遵守法律法规
确保所有操作符合当地法律法规，避免“黑飞”，以免违反规定。
调试无人机
在拍摄前调试无人机，确保画面连续性和稳定性。
设备准备
起升吊钩，将无人机调整至适当高度。
调整塔吊大臂上的塔吊小车位置，确保无人机处于最佳拍摄线路。
拍摄执行
以塔吊额定转速进行360°回转，调整无人机摄像头转角，确保所需拍摄的工作面全覆盖。
拍摄完毕
拍摄完成后，取回无人机并安全存放。
备案
联系当地派出所进行备案，以便在需要时提供必要的安全保障。
通过以上步骤，可以在遵守法律法规的前提下，在禁飞区进行合法的航拍活动。建议在实际申请过程中，详细填写申请表格，并提前了解并遵守所有相关规定，以确保申请的顺利进行和拍摄活动的安全性。