甘肃迁移到新疆的程序主要包括以下几个步骤：
迁出登记
公民需向当前户籍所在地户口登记机关申报迁出登记，并领取迁移证件，同时注销原户口。
准备迁入材料
根据不同的迁入地点和条件，准备相应的证明材料。例如，城市迁入可能需要城市劳动部门的录用证明或学校录取证明；农村迁入可能需要持有城市户口登记机关的准予迁入证明。
申请迁入
向新疆的迁入地派出所提出申请，并等待同意迁入。
办理迁出手续
向现户口所在地派出所提出迁出申请，并办理户籍证明。
申请《准迁证》
持户籍证明和相关证明材料前往迁入地的市级公安局户政科申请迁入，并等待签发《准迁证》。
办理迁移证
持《准迁证》回户口所在地派出所办理迁出手续，并开具迁移证件。
完成迁入登记
最后，持迁移证件和身份证去迁入地派出所办理入户手续。
建议在办理迁移手续时，提前咨询迁入地和迁出地的相关派出所或户政科，了解具体的材料和流程，以确保顺利迁移。