农村屋顶改造程序一般包括以下步骤：
全面评估屋顶现状
检查屋顶的结构完整性，查看是否有裂缝、变形等问题。
评估瓦片的状况，是否有破损、缺失或松动的情况。
检查防水性能，观察是否有渗漏的迹象。
考量保温效果，判断室内温度在不同季节的变化情况。
了解乡村的气候特点，如降雨量、风力大小、日照强度等，以便为后续的治理方案提供依据。
制定针对性治理方案
结构修复：对于结构存在问题的屋顶，如裂缝、变形等，需要进行专业的结构修复。可以采用加固材料，如钢材、碳纤维等，对屋顶的支撑结构进行加固，确保屋顶的稳定性和安全性。
瓦片更换与维护：若瓦片出现破损、缺失，应及时更换。选择质量可靠、耐久性强的瓦片，并确保安装牢固。同时，定期对瓦片进行清理，防止杂物堆积影响排水。
防水处理：针对渗漏问题，采用高质量的防水材料进行防水处理。可以选择防水涂料、防水卷材等，对屋顶的易渗漏部位，如天沟、檐口等进行重点处理。
保温升级：为提高屋顶的保温性能，可以考虑增加保温材料。
施工与监督
在施工过程中，要确保施工质量和安全，遵循专业的设计和施工规范。
对于破损的瓦片，及时进行更换和修复；对于老化的结构，进行加固和改造；对于保温隔热功能不足的屋顶，采用先进的材料和技术进行升级。
完成验收与收尾
在施工完成后，对屋顶进行全面检查，确保无遗漏和损坏。
清理施工现场，处理施工废弃物，并做好收尾工作。
办理相关手续
在改建之前，需要先征得相关部门的同意，包括当地土地管理部门、城乡规划部门等。
办理土地使用证，如果需要改建的房屋所在土地没有土地使用证，需要先办理土地使用证。
缴纳相关费用，包括土地使用费、城市基础设施配套费等。
编制规划方案，包括改建范围、改建内容、改建后的用途等，并提交相关部门审批。
办理施工许可证，在规划方案审批通过之后，需要办理施工许可证，才能开始改建工作。
后期维护
安装光伏发电设备，农户自愿原则，在符合风貌管控的前提下，按照“户申请、村审核、乡镇审批”的程序和原则进行。
屋顶防护，确保居住者的生活质量，与房屋的使用寿命和整体安全性紧密相连。
以上步骤仅供参考，具体实施过程中可能需要根据当地实际情况进行调整。建议在改造前咨询专业的建筑师或相关部门，以确保改造效果和安全。