程序辩护在刑事诉讼中起着至关重要的作用，具体包括以下几个方面：
保护被告人合法权益：
程序辩护确保被告人在法律程序中享有平等的辩护权，防止因信息不对称或法律知识的缺乏而导致的不公正判决。通过辩护律师的专业知识和经验，可以揭示检方证据的不足和程序的瑕疵，从而保护被告人的合法权益。
维护司法公正：
程序辩护不仅是对个体权利的保护，更是对整个司法系统公正性的维护。通过辩护律师的努力，可以促进公正判决的实现，防止因程序违法而导致的冤假错案。
促进法律适用的准确性：
辩护律师在程序辩护中能够对法律条款进行深入解读和适用，帮助法官更准确地理解案件事实和法律规定，避免因法律适用不当而导致的冤假错案。
规范侦查和司法部门的行为：
程序辩护的存在有助于规范侦查和司法部门的行为，预防、遏制、减少其违反诉讼规则的现象。通过程序性辩护，可以更充分地揭露程序违法现象，并迫切要求予以纠正。
在二审案件中的作用：
在二审案件中，程序辩护的作用尤为重要。通过程序辩护，可以防止一审中存在问题的案件在二审中维持原判，从而推动案件实体处理结果向有利于当事人进展。
颠覆性程序辩护：
对于程序违法极为严重和明显从而足以对案件结果产生重大影响的程序性辩护，可以称之为颠覆性程序辩护。例如，管辖异议等程序辩护手段，在极端情况下可能成为颠覆性程序辩护，从而影响案件的最终结果。
综上所述，程序辩护在刑事诉讼中不仅是维护被告人合法权益、保障司法公正的重要手段，也是规范侦查和司法部门行为、促进法律适用准确性的关键。通过有效的程序辩护，可以确保刑事诉讼的合法性和公正性，维护法律的尊严和权威。