公司章程变更需要经过以下程序：
提议修改公司章程
一般由公司董事会提出修改建议，并形成修改草案。
通知股东
将修改公司章程的提议通知股东。有限责任公司应当于会议召开十五日前通知全体股东；股份有限公司应于会议召开二十日前通知各股东，临时会应当于会议召开十五日前通知各股东，发行无记名股票的，应当于会议召开三十日前公告。
股东会决议
股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。
种类股股东的同意
如果公司章程的修改涉及到种类股股东的利益，需要征得种类股股东的同意。
主管机关审批
公司章程的修改涉及需要审批的事项时，需报政府主管机关批准。例如，股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准；属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准。
变更登记
公司章程的修改涉及需要登记事项的，需报公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案。
公告
如果公司章程的修改涉及需要公告的事项，应依法进行公告。例如，公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。
提交相关文件
修改章程需要向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。
通过以上步骤，公司章程的变更程序得以完成，确保修改后的章程具有法律效力。