稽查案件取证程序主要包括以下几个方面：
调取账簿资料
检查人员及所在稽查局应当向被查对象出具调取账簿资料通知书，并填写调取账簿资料清单交其核对后签章确认。
调取纳税人、扣缴义务人当年的账簿、记账凭证、报表和其他有关资料的，应当经设区的市、自治州以上税务局局长批准，并在30日内退还。
退还账簿资料时，应当由被查对象核对调取账簿资料清单，并签章确认。
涉及文书：《调取账簿资料通知书》。
提取证据材料原件
应当向当事人出具提取证据专用收据，由当事人核对后签章确认。
电子证据取证
取证准备：包括组织、人员和设备上的准备，制定详细的取证行动方案，严格按方案执行。
现场保护：对正在使用的移动存储设备，要求停止使用并保护好其中存储的电子数据。
现场检查：实施电子数据检查，发现现场存留的与案件有关的电子证据和其他相关证据。
电子证据的提取和封存：通过现场询问、观察网线布置、计算机网络设置和已安装程序等方式判断企业网络运行方式，重点查找数据库服务器，并进行数据抽取或实时监控网络状态。
人民法院调查取证
人民法院派出员应当向被调查人出示证件，表明自己的合法身份，取得被调查人的配合。
法院的调查取证应当制作调查笔录，调查笔录经被调查人校阅后，由被调查人、调查人签名或者盖章。
行政机关调查取证
行政机关在行政执法和查办案件过程中收集的物证、书证、视听资料、电子数据证据材料，应当以该机关的名义移送，经人民检察院审查符合法定要求的，可以作为证据使用。
以上是稽查案件取证程序的详细说明，具体操作过程中应严格遵循相关法律法规，确保取证的合法性和有效性。