制定各部门职责的程序可以总结为以下几个步骤：
组织结构的设计
明确企业管理的组织架构，并遵循“三权分置”原则，即决策权、监督权、执行权分属不同部门或岗位。
部门岗位设置应遵循“因责任归属而设定”的原则，避免因人设岗、因岗设位或因权设职。
部门职能的确定
根据业务活动的相似性设立管理部门，明确各部门的职能。
流程制度的建设
明确横向部门各个岗位之间的流程链接和相关制度规定，确保流程制度的设计过程不断优化。
岗位职能职责的确定
在完成前面三步后，确定各岗位的职能职责，确保权力、利益、责任等边分配。
与员工和相关方沟通
与公司高层和职工代表大会充分沟通，确保各部门职责的合理性和可行性。
制定部门管理制度
包括绩效考核、决策流程、沟通渠道等，确保部门运作的规范性和高效性。
评估和完善
定期评估部门制度，确保其符合公司发展的需要，并根据反馈进行修订和完善。
下发和执行
将制定好的部门职责下发各部门，并要求各部门遵照执行，同时收集执行过程中的意见和建议。
通过以上步骤，可以确保各部门职责的明确性、合理性和有效性，从而提高企业的管理效率和协作水平。