法院案件自查程序主要包括以下几个步骤：
程序审查判断
人民法院审查自诉案件是否符合受理条件，如不符合自诉案件的条件的、证据不充分的、犯罪已过追诉时效期限的、被告人死亡的、被告人下落不明的、除因证据不足而撤诉的以外，自诉人撤诉后，就同一事实又告诉的、经人民法院调解结案后，自诉人反悔，就同一事实再行告诉的等情形，法院应当说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉。
证据审查判断
书证、物证应当提交原件、原物，提交复印（制）件应与原件、原物核对无异。
证人出庭作证的，应当在开庭前一定期限内提交证人名单，证人确有困难不能到庭的，经法院许可，可以提交书面证言。
立案与通知
对自诉案件，人民法院应当在十五日内审查完毕。经审查，符合受理条件的，应当决定立案，并书面通知自诉人或者代为告诉人。
补充证据与撤诉
对于已经立案，经审查缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，人民法院应当说服其撤回起诉或者裁定驳回起诉。
自诉人撤回起诉或者被驳回起诉后，又提出了新的足以证明被告人有罪的证据，再次提起自诉的，人民法院应当受理。
调解与和解
在审理过程中，法院还可以进行调解，如果调解成功，可以制作调解书；如果自诉人撤回起诉或者双方达成和解，法院可以裁定准予撤诉。
审理期限
自诉案件的审理期限通常为十五天，自人民法院立案之日起计算。
通过以上步骤，法院可以全面审查自诉案件，确保案件审理的合法性和公正性。建议自诉人在提起自诉时，严格按照法律规定的程序和要求进行，以便更好地维护自己的合法权益。