集体办理辞职程序一般包括以下几个步骤：
提前通知
员工原则上应提前30天将书面《辞职报告》交到人事行政部，并领取离职手续表。
如果是试用期内，员工提前三日通知用人单位即可解除劳动合同。
离职面谈
人事行政部对离职员工进行离职面谈，了解其离职原因并做记录。
办理交接工作
员工和其他同事交接相关工作，清点并归还公司财产，如工作证、员工手册、工作服、办公用品等。
财务部检查离职员工与公司在财务上是否有拖欠（包括所借款项、出差报销等），如有拖欠当场清还，无拖欠则由财务部在离职手续表上签字确认。
签署离职手续表
离职员工将离职手续表交部门负责人签字，部门主管以上岗位需经总经理签字。
离职员工所在部门的助理确认上交物品无误后签字确认。
办理离职证明及社保、公积金手续
人事行政部向员工出具"关于与XX解除劳动合同的决定"。
人事行政部安排人员到失业保险经办机构办理终止、解除劳动关系备案手续，并到社会保险经办机构中止职工社会保险关系，同时封存离职员工的公积金。
如离职员工需要转移公积金，由人事行政部根据其所提供的新账户进行转移，如需取出则由员工自行办理。
开具离职证明
公司开具离职证明，以证明自己已从该公司离职。
办理工作交接
工资中涉及保险的，人力资源部同财务部办理保险清算，进行保险减员手续。
工资结算，确保所有工资、福利等均已妥善处理。
备案与保存
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
建议：
公司HR在处理集体辞职时，应多从自身查找原因并采取改进措施，而不是一味责备员工。
流程中应确保每一步都严格按照规定执行，以维护公司和员工的合法权益。