水厂占地办理程序涉及多个步骤，以下是一个简化的流程概述：
项目前期准备
确定项目用地的规划性质，如居住、商业、工业等用途，并核定土地用途。
土地出让
在核定用途之后，进行土地出让，依据土地管理法和有关法规，通过招标或拍卖地块，确定土地使用人。
用地申请
土地使用人向所在地的国土资源管理部门提出用地申请，并提供企业执照、项目申报书、环境影响评价报告等材料。
用地审批
国土资源管理部门对申请进行审批，包括土地规划条件、用途条件、用地指标条件等内容的合格性审核。
办理规划许可
取得用地许可证后，用地单位需向城市规划部门申请和取得建设工程规划许可证。
办理施工许可
取得建设工程规划许可证后，用地单位需向建设工程主管部门申请建设工程施工许可。
竣工验收
建设工程竣工后，需向建设工程主管部门申请验收。
其他相关手续
根据项目具体情况，可能还需要办理环保类环境影响评价、水资源论证及取水许可、水土保持、防洪评价、节能、社会稳定性分析等手续。
若项目涉及穿过河流、铁路、公路等，还需办理相应的专项审批手续。
请注意，具体流程可能因地区和项目性质的不同而有所差异，建议在实际操作中咨询当地相关部门获取详细指导。