针对50万元的工程项目，一般不需要进行招标，除非涉及特定情况。以下是相关程序：
立项
将项目申报到相关部门，如当地的水利局。
初步设计
请水利设计院进行设计，并上报到水利部门进行审批。
可行性研究
进行可行性研究，以确定项目的可行性和经济效益。
招投标
由于50万元的工程不属于必须招标的范围，可以选择不进行招标。但如果决定招标，需要编制招标文件、发布招标公告、进行资格预审、发售招标文件、接收投标文件、抽取评标专家、开标、评标和定标等步骤。
施工
主要由承包人和监理单位负责施工过程。
工程结算
工程竣工后，进行决算书核算，确保资金出入正确。
完工存档
完成工程后，将所有相关文件存档备查。
法律途径
如果遇到拖欠工程款的问题，可以通过协商、调解或提起民事诉讼等法律途径解决。
建议
不招标情况：如果50万元的工程不需要招标，可以简化程序，直接进行立项、设计和施工。
招标情况：如果决定招标，应严格按照招投标法规定的程序进行，确保公平、公正、透明。
请根据项目的具体情况选择合适的程序，并咨询当地相关部门获取更详细的指导和帮助。