工程结款需要遵循以下程序：
工程竣工验收合格
每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。
四方验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
结算资料准备与审核
每项工程验收合格后，按合同约定及时进行工程结算，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。
监理负责审核结算资料的完整性，资料必须完整齐备符合竣工资料的验收要求，审核结果反馈给甲方乙方。
甲方的预算，原则上应该自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则可以由该公司负责审核，甲方的预算及工程人员配合完成结算工作。
核对与谈判
甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。
双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见。
签发付款
结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。
其他相关手续
结算时，除了合同约定的项目和金额，还有变更单、甲方与监理签字盖章的所有变更、新增、调减的项目单据，月进度款单据、超过一定百分比比如10%的材料涨价凭证等等，都纳入工程款结算。
法律依据
《建设工程价款结算暂行办法》第十四条规定，工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。
《中华人民共和国建筑法》第六十一条规定，交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。
这些程序确保了工程结款的顺利进行，并保证了工程质量和合同的履行。建议在实际操作中，各方应严格按照这些程序进行，以确保工程结款的准确性和合法性。