公益诉讼主要适用 民事诉讼程序，具体包括以下方面：
普通程序
公益诉讼属于民事诉讼的特别形态，其基本审理程序遵循《民事诉讼法》或《行政诉讼法》所规定的标准流程，包括立案、送达文件、举行庭审、作出判决等环节。
特殊规定
对于环境方面的公益诉讼，如果案件不涉及《民事诉讼法》第一百一十九条第（一）项关于“原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织”的规定，其他规定可以直接适用。
环境民事公益诉讼案件还可以根据《最高人民法院关于审理环境民事公益诉讼案件适用法律若干问题的解释》进行特殊处理，由特定机构设立的环境资源审判庭专门审理。
刑事附带民事公益诉讼
涉及刑事附带民事的公益诉讼，则按照《刑事诉讼法》的相关规定进行。
执行程序
公益诉讼的执行阶段适用民事程序领域的相关细则，包括查封、扣押、拍卖被告财产等措施，以确保原判或调解书得以执行。
人民陪审制
人民法院审理人民检察院提起的第一审公益诉讼案件，适用人民陪审制。
反诉处理
人民法院审理人民检察院提起的民事公益诉讼案件，如果被告提出反诉请求，不予受理。
和解与调解
检察院和被告达成和解或调解协议后，法院需公开协议内容并进行审查，确认不损害社会公共利益后出具调解书。
综上所述，公益诉讼主要适用民事诉讼程序，具体程序根据案件类型和法院规定有所不同，包括普通程序、特殊规定、刑事附带民事公益诉讼程序、执行程序、人民陪审制、反诉处理以及和解与调解等。