清单漏项的处理程序主要取决于漏项的性质、合同条款以及双方的具体协商情况。以下是一些常见的处理程序：
协商解决
若漏项与清单中其他项目相关，可以使用已有的项目在结算时进行增量。
若漏项与清单中其他项目无关，双方可以协商确定一个新的综合单价，并签订补充协议作为结算依据。
法律途径
若甲方发现清单漏项，可以根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律走法律途径，避免后期产生不便与麻烦。
若乙方发现清单漏项且甲方也知晓，双方可以进行协商，并做好相关准备工作。
依据合同约定
单价合同漏项时，若合同中有类似项目的单价，可参照该单价进行计价和结算。若无类似项目的单价，应按照合理的计价方法确定单价，并经双方协商一致，在合同补充协议中明确。
总价合同漏项时，通常需要重新协商合同总价，并明确漏项的处理方式。
履行签证手续
对于因漏项导致的工程变更和费用增加，应及时办理签证手续，明确漏项的具体情况、增加的工程量、确定的单价等相关信息，为后续的结算提供依据。
复核招标清单
投标人应复核招标清单，若有清单漏项缺项，应在招标答疑中提出。若因时间紧迫未能及时审核招标清单，投标人应自行承担相应责任。
法律依据
《建设工程工程量清单计价规范》等相关法律法规也可以作为处理清单漏项的依据。
建议
及时沟通：发现清单漏项后，双方应尽快进行沟通，明确责任和处理方式。
保留证据：在处理过程中，应保留相关书面沟通记录和协议，以备后续可能出现的争议。
遵循合同：处理清单漏项时，应严格按照合同约定和相关法律法规进行，确保合法合规。
通过以上程序，可以有效地处理清单漏项问题，保障发承包双方的合法权益，确保工程的顺利进行和费用的合理结算。