合同修改程序通常包括以下几个步骤：
双方协商
一旦发现合同中的错误或者需要变更的部分，应立即与对方沟通，寻求一致的解决方案。
明确更改
在合同中明确标出需要更改的部分，并确保更改内容清晰、准确。
签字或按手印
双方当事人应在更改的地方签字或按手印，以确认更改的意向。
保留证据
更改后的合同应妥善保存，作为双方同意更改的法律证据。
签署补充协议
如果合同某些条款不明确或不完整，可以通过双方签订补充协议来完善。补充协议中应明确主合同的内容，或者将主合同作为附件的形式。
法律审查与律师介入
对于涉及较大金额或复杂条款的合同，建议在修改过程中聘请律师进行法律审查，确保修改后的合同内容合法、可执行，并且符合合同双方的权益。
建议
在进行合同修改时，务必确保双方充分沟通，并明确修改的内容和范围，以避免未来产生纠纷。
修改合同应尽量采用书面形式，以便于保留证据和日后查证。
如果合同修改的内容较多或较复杂，建议聘请专业律师进行审查，以确保修改后的合同合法有效。