在民事执行案件中，法院可以通过以下程序查询银行流水：
提交书面申请
申请人需向执行法院提交书面申请，明确请求查询被执行人的银行流水，并注明查询的目的和范围。
提供必要信息
申请人应提供被执行人的姓名、身份证号码、银行账户等基本信息，以便法院能够准确地进行查询。
法院审查
法院在收到申请后，会对申请进行审查，确认其合法性和合理性。如认为有必要，法院会向相关银行发出协助执行通知书，要求银行提供被执行人的银行流水。
银行配合执行
银行在收到法院的协助执行通知书后，会按照法院的要求提供被执行人的银行流水信息。
法律授权
法院必须在法律授权的情况下才可以查询，查询必须是为了公务，且经法定程序，由相应的负责人批准后方可进行。
其他机构查询
公安机关在涉及案件的情况下也可以查询个人银行信息，但必须经过上级主管机关授权或持有人民法院文件并出示本人证件。
总结来说，法院查询银行流水需要遵循一定的法律程序，包括提交申请、提供必要信息、法院审查、银行配合等步骤，并且查询必须是在法律授权的情况下进行。