公司查账的程序可以根据不同的需求和场景有所不同，但大体上可以分为以下几个步骤：
准备阶段
收集资料：包括公司营业执照、税务登记证、组织机构代码证等相关证件的复印件，公司章程、股东会决议、董事会决议等内部文件，公司财务报表、会计凭证、银行对账单、税务申报表等财务资料，以及公司合同、协议、往来函件等业务资料。
委托专业机构：为确保查账的准确性和专业性，建议委托具有资质的会计师事务所或审计机构进行查账。
查账阶段
审查公司资产：包括审查公司资产清单，确认资产是否存在、权属清晰、价值合理，对固定资产、存货、应收账款等进行盘点，核实其真实性和准确性，对无形资产、对外投资等进行评估，确保其价值合理。
审查公司负债：包括审查公司负债清单，确认负债是否存在、权属清晰、价值合理，对银行贷款、应付账款、预收账款等进行核对，核实其真实性和准确性，对其他应付款、应交税费等进行评估，确保其价值合理。
审查公司所有者权益：包括审查公司所有者权益变动表，确认所有者权益变动的原因和金额，对实收资本、资本公积、盈余公积等进行核对，核实其真实性和准确性。
核对凭证与账簿：确保凭证与账簿记录一致，账实相符。
财务分析：对企业的财务状况进行评估。
报告阶段
撰写审计报告：审计人员根据审计结果撰写审计报告，投资者及股东通过审计报告来判断公司财务情况。
提供查账报告：在办理公司注销业务时，税务师事务所会出具查账报告，提供所有报表、凭证、账本及银行对账单。
后续阶段
注销公司：在税务局审核通过后，公司需要向工商局递交注销资料，包括清算报告、股东会决议等。税务局会查清近三年的账本及税务缴纳情况，确保没有漏缴或少缴的情况。
股东查账：股东若想查看会计账簿，需向公司提交书面申请，说明查账目的和范围，公司需在15天内给予答复。查账过程中要遵循合法性、真实性、准确性、完整性原则。
以上是一般公司查账的基本程序，具体操作过程中可能会有所调整，建议根据公司实际情况和需求进行调整。