查账纠纷程序一般包括以下步骤：
书面申请
股东向公司提交查账的书面申请书，在申请书中详细说明查账的目的、会计账簿的起止日期等。
如果股东当场提交，公司应当自提交之日起十五日内书面答复；如果通过邮寄方式提交，公司应当自收到申请之日起十五日内答复。
建议将申请书复印一份留底，然后以挂号信或特快专递邮寄并保存好邮寄凭证。
法院诉讼
如果公司拒绝查账请求或上述十五日届满未明确答复，股东可以起诉公司，请求法院要求公司提供查阅。
在起诉状中，股东应明确查阅的会计账簿的种类、年份等，并准备好如下证据：证明查账目的正当的资料、查账申请书、邮寄凭证、公司的签收凭证、公司的书面拒绝通知。
注意：先申请后诉讼，只有在书面的查账申请遭拒或十五日届满公司未书面回复之后，股东才能起诉公司，否则法院将不会受理。
总结：
查账纠纷程序主要包括股东提交书面申请和提起法院诉讼两个步骤。股东需要先向公司提交查账申请，并在申请被拒绝或未得到答复后，才能向法院提起诉讼，请求法院强制公司提供查阅会计账簿。在整个过程中，股东应保留好所有相关证据，以便在诉讼中使用。