基因工程研究程序通常包括以下步骤：
目的基因的获取
对于序列已知的目的基因，可以通过PCR（聚合酶链式反应）扩增方法获得。PCR是一种在体外快速扩增DNA的技术，通过一系列的循环反应，在DNA变性、引物退火和DNA聚合酶合成DNA的步骤中完成目的基因的复制。
对于序列已知的较短目的基因，可以直接通过化学合成方法获得。
对于序列未知的目的基因，可以通过构建基因文库或cDNA文库，然后利用探针筛选获得目的基因。
载体的选择
载体是用于基因工程的DNA分子，它能够在宿主细胞中自主复制和表达，并携带筛选标记及多个克隆位点。常用的载体包括质粒载体、噬菌体载体和YAC等。例如，在大肠杆菌表达系统中，常用的载体是带有His tag的pET载体。
体外重组
通过相同的限制性内切酶切割外源DNA分子和载体DNA分子，产生相同的黏性末端或平末端。然后使用DNA连接酶（如T4 DNA连接酶）将两者连接起来，形成重组DNA分子。
导入受体细胞
将重组DNA分子导入受体细胞，常用的方法包括转化、转染和电穿孔等。导入后的细胞需要能够稳定表达外源基因，以便进行后续的筛选和鉴定。
重组子筛选和鉴定
筛选含有目的基因的重组细胞，并通过各种方法（如抗性筛选、PCR鉴定、DNA测序等）确认目的基因已经整合到宿主基因组中，并且能够正确表达。
基因表达产物的分离和纯化
确认目的基因在宿主细胞中表达后，需要将其表达产物（如蛋白质）从细胞中分离和纯化，以便进行后续的功能研究和应用开发。
转基因生物的筛选和育种
对转基因生物进行筛选，评估其表达产物的生理功能和效益，并进行育种，以获得具有优良性状的转基因新品系。
生态与进化安全保障机制的建立
评估转基因生物对生态环境的影响，并建立相应的安全保障机制，确保基因工程的安全应用。
消费安全评价
对转基因产品进行消费安全评价，确保其对人类健康无害。
这些步骤构成了基因工程研究的基本框架，从目的基因的获取到最终产品的开发和应用，每一步都需要精确的操作和严格的实验设计。