停发工资需要遵循一定的程序，具体步骤如下：
办理人事手续
由人事处人事科负责办理相关手续，包括人员变动信息的记录和通知。
通知劳资科
人事科在第一时间将相关人员变动信息通知给劳资科，以便劳资科进行后续的工资调整工作。
草拟并审核书面通知
劳资科根据人事科提供的信息草拟书面通知，报处领导审核后及时交财务处。
修改人员信息及工资数据库
人事科负责修改人员信息，劳资科则负责修改工资数据库，以确保工资支付的准确性。
法律依据
《工资支付暂行规定》第十二条：非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
其他相关程序
投诉举报：用人单位拖欠工资，劳动者可以向当地劳动保障监察机构投诉举报。
劳动仲裁：劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，这是追索劳动报酬的有效途径。
法院诉讼：如果劳动仲裁不予受理或者仲裁不公，劳动者可以在15天内向法院提起民事诉讼，通过法院判决执行。
建议
及时沟通：在办理停发工资手续时，建议与相关部门保持及时沟通，确保信息准确无误。
保留证据：劳动者在申请仲裁或投诉时，应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、通知书等，以便在需要时提供。
咨询专业意见：在处理此类问题时，建议咨询专业律师或法律机构，以确保自身权益得到充分保障。