转基因育种的基本程序包括以下几个步骤：
目的基因的获得
根据育种目标，从供体生物中分离目的基因。
基因克隆的方法包括根据基因表达的产物（蛋白质）进行基因克隆，或从基因组DNA或mRNA序列克隆基因。
重组质粒的构建
将含有目的基因或DNA的片段构建到重组质粒中。
对目的基因进行体外重组，形成含有目的基因的重组质粒。
受体材料的选择和再生系统的建立
选择适合转基因的受体材料，如植物细胞或胚胎干细胞。
建立稳定、高效、易于再生的系统，以便将外源基因导入并表达。
转基因方法的确定和外源基因的转化
确定合适的转基因方法，如农杆菌介导法、基因枪法等。
将重组质粒转化到受体材料中，完成外源基因的导入。
转化体的筛选和鉴定
通过筛选标记基因（如抗生素抗性基因、除草剂抗性基因）来鉴定转基因植株。
进行分子生物学和生化鉴定，确认外源基因的稳定表达和功能。
转基因植株的育种利用
将转基因植株与优良品系进行杂交，通过常规育种方法培育出高产的转基因品系。
进行田间试验和大田选择，最终育成转基因新品种或种质资源。
安全性评价和审批
进行分级分阶段的安全评价，包括实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验等。
申请生产许可证和农业转基因生物安全证书，确保转基因生物的安全性。
这些步骤涵盖了从基因克隆到最终品种培育的全过程，确保了转基因育种的科学性和安全性。建议在实际操作中，严格按照相关法规和标准进行，以确保转基因技术的合规性和可持续性。