冒泡排序程序的主要困难和挑战包括：
时间复杂度高：
冒泡排序的时间复杂度为O（n^2），这意味着对于大规模数据集，需要进行大量的比较和交换操作，导致排序速度非常慢。例如，对于包含10000个元素的数组，需要进行10000^2次比较和交换，这在实际应用中是不可接受的。
效率低下：
冒泡排序在每次遍历中只能移动相邻的两个元素，这使得它在处理部分有序或接近有序的数据时效率不高。在最好的情况下（即数组已经有序），冒泡排序仍然需要进行n-1次遍历，时间复杂度为O（n）。
资源消耗：
冒泡排序的空间复杂度为O（1），因为它只需要常数级别的额外空间来存储临时变量。尽管如此，其时间复杂度的低下使得它在处理大数据集时仍然不实用。
算法复杂度：
冒泡排序的算法复杂度使其在处理大规模数据时性能较差，不适合用于需要高效率排序的应用场景。
稳定性问题：
虽然冒泡排序是稳定的排序算法，不会改变相同元素的相对位置，但其低效率使得在需要保持元素相对顺序的情况下，可能不是最佳选择。
实现细节：
冒泡排序的实现需要注意细节，例如内层循环的范围应该是`range（0, n - i - 1）`，这样可以避免对已经排好序的元素进行不必要的比较。
总结来说，冒泡排序算法适用于小规模数据或对稳定性要求较高的场景，但对于大规模数据或对效率有较高要求的应用，建议使用更高效的排序算法，如快速排序、归并排序或堆排序。