新生儿死亡后应遵循以下程序：
尊重生命和习俗
尊重生命，尊重习俗，尊重宗教，提供人文关怀服务。
遗体处置
新生儿的遗体由家属来处置，严禁按医院医疗废物处理。
患传染病死亡的新生儿，要按照《中华人民共和国传染病防治法》的相关规定进行处理。
出具死亡证明
新生儿死亡后，医院所在科室应出具《死亡证明》，并及时将遗体移送太平间，进行登记。
家属授权
家属如授权委托医院处理，应签署《知情同意书》及《授权委托书》，医院随后通知火葬场进行火化，相关费用由家属承担。
遗体领取与处理
家属在规定的时间内，凭《死亡医学证明书》或《死亡通知书》、《身份证》或《户口登记簿》到太平间领取新生儿遗体。
遗体将被送往殡仪馆、火葬场或殡葬服务站，并进行详细登记和火化。
无主遗体处理
若新生儿遗体被遗弃在医院且在规定时间内无人认领，医院将通知县公安局，由县级以上司法机关出具火化通知，按无名尸处理。
法律途径
如新生儿死亡涉及医疗事故，家属可以申请进行医疗过错鉴定或医疗事故鉴定。若鉴定结果确属院方过错，医院应承担相应责任。
手续办理
在医院死亡的新生儿，医院会办理相应的死亡手续，包括火化手续和户口注销等。
心理支持
医院应给予家属心理支持，协助家属处理婴儿的后事。
这些程序确保了新生儿死亡的遗体得到妥善处理，同时尊重了家属的意愿和习俗。