申请法院回避的程序如下：
提出回避申请
当事人应在案件开始审理时提出回避申请，如果回避事由在案件开始审理后才知道，也可以在法庭辩论终结前提出。
申请人应说明回避的理由，并提供相应的证据予以证明。
申请对象
回避的申请对象包括审判人员、书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等。
院长担任审判长时的回避，由审判委员会决定；审判人员的回避，由院长决定；其他人员的回避，由审判长决定。
决定程序
法院收到回避申请后，应在3日内以口头或书面形式作出决定。
申请人对决定不服的，可以在接到决定时申请复议一次，复议期间被申请回避的人员不停止参与本案的工作。
紧急措施
如果案件需要采取紧急措施，被申请回避的人员可以继续参与本案的工作，除非法院认为有必要暂停其工作。
总结：
申请法院回避的主要程序包括提出回避申请、明确申请对象、遵循决定程序以及处理复议。申请人应在规定的期限内提出回避申请并说明理由，法院应在规定时间内作出决定，申请人对决定不服可以提出复议。