指定管辖案件适用的程序如下：
协商解决
争议各方首先应在审限内协商解决管辖权争议。如果协商无果，争议人民法院应分别逐级报请共同的上级人民法院指定管辖。
上级法院裁定
上级人民法院可以作出裁定，指定下级人民法院对某一案件行使管辖权。这种指定可以解决管辖不明的情况，且被指定的法院在接到裁定后具有管辖权。
重新计算审理期限
当案件被指定管辖后，不需要重新立案，而是重新计算审理期限。
特殊情况下的申请
有管辖权的人民法院因特殊原因不能行使管辖权的，可以申请上级人民法院指定管辖。
移送管辖
在刑事案件中，如果几个同级人民法院都有权管辖，由最初受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
监察委指定管辖
监察委在指定管辖时，其启动有严格限制，必须符合特定条件，并由相关纪检监察部门严格遵循程序。
综上所述，指定管辖案件的程序包括协商、裁定、重新计算审理期限、特殊情况下申请、移送管辖以及监察委的特定程序。这些程序旨在确保案件的公正、公平审理，并保障司法效率。