软件系统侵权的认定通常需要满足以下几个条件：
行为人主观上具有侵犯软件著作权的故意
行为人明知自己的行为将侵犯软件著作权，但仍然进行相关活动。
行为人客观上实施了侵权的违法行为
未经软件著作权人许可，擅自使用、复制、发行、表演、展览、摄制、改编、翻译、注释、编辑等方式使用著作权人的软件作品。
违法行为导致注册人遭受实际损失
侵权行为必须给软件著作权持有者带来实质性的财产损害及名誉损失。
实质性相似加接触原则
被指控的计算机程序与原告的计算机软件产品存在极高程度的相似之处，并且侵权人有接触原告软件的机会或实际上已经接触到了原告的软件作品。
具体判定标准如下：
复制或修改软件的基本要素或结构：如果软件程序的基本要素或结构被完全复制，则构成侵权。
部分软件代码的复制：如果按照一定的规则或顺序只复制部分软件代码，也可能构成侵权。
实质性相似：比较两个软件在文字内容、拼写要求、整体结构、处理流程、数据结构、输出结果和输入格式等方面的相似程度。
接触：原告的软件产品是否已经公开发行，或者侵权人是否有机会接触到原告的软件作品，例如侵权人曾在原告处工作或双方有过合作关系等。
在司法实践中，法院会综合考虑上述因素，全面评估侵权行为是否成立，并依法判处相应的民事责任，包括停止侵权、消除影响、赔礼道歉和赔偿损失等。