软件保护版权的方法有多种，以下是一些主要的保护措施：
提供正版软件
向员工提供正版软件，确保所有计算机都使用合法授权的软件。
对软件的购置进行登记，并定期检查计算机硬盘，确保所有程序为正版。
防止复制及使用未经授权的软件
防止员工使用盗版软件，可以通过教育员工、指定专人负责软件使用、定期检查等方式实现。
对员工的盗版行为进行纠正和处罚。
软件著作权登记
通过计算机软件著作权登记，向社会宣传产品，并在发生争议时作为主张软件权利的有力武器。
著作权登记证书有助于软件版权贸易的顺利完成，并可能带来产业政策上的鼓励。
专利保护
如果软件科技或产品符合专利法律要件，应尽早办理专利权登记，以保护开发者的“创意”。
技术秘密保护
对软件产品或成果中的技术秘密采取保密措施，防止泄露，并在发生泄露时依法追究泄密行为人的法律责任。
商标权保护
通过在软件包装上使用商标，表明软件的质量、数量及可信度。
可以通过特定品质证明的方法提供证明商标保护。
商业秘密法保护
在软件开发过程中，通过技术保护措施和保密协议等方式保护软件的商业秘密。
法律诉讼
在发生软件著作权争议时，通过法律途径，如向人民法院提起诉讼，请求司法保护。
合作与专业服务
与专业的知识产权服务机构合作，借助其专业知识和经验，更好地保护企业的软件著作权。
自动化版权保护工具
利用Excel等工具自动化版权保护决策过程，提高工作效率。
通过上述多种方法的综合运用，可以有效地保护软件的版权，防止侵权行为的发生，并在发生争议时提供有力的法律支持。建议企业根据自身实际情况，选择合适的保护措施，并定期评估和调整保护策略，以确保软件版权得到充分保护。