软件控制系统入账的方法主要取决于其是否与固定资产不可分割以及是否能够单独计价。以下是具体的入账步骤和注意事项：
与固定资产不可分割的软件控制系统
无论是否单独计价，都应作为固定资产而不是无形资产进行核算。
入账时，借方计入“固定资产”科目，贷方计入“银行存款”科目。例如，购入一套财务软件花费4800元，则会计分录为：
```
借： 无形资产 - 财务软件 4800元
贷： 银行存款 4800元
```
与固定资产可以分开且能单独计价的软件控制系统
应确认为无形资产，按购入成本入账。
入账时，借方计入“无形资产”科目，贷方计入“银行存款”科目。例如，购入一套财务软件花费4800元，则会计分录为：
```
借： 无形资产 - 财务软件 4800元
贷： 银行存款 4800元
```
注意事项：
软件与固定资产的区分：如果软件是生产设备的自动化控制程序，则与固定资产不可分割，应作为固定资产核算；如果软件可以单独安装和使用，则可以作为无形资产核算。
初始确认和后续计量：无形资产在初始确认时按成本计量，后续可能涉及摊销和减值测试等会计处理。
建议在实际操作中，根据软件的实际情况和相关会计准则进行判断和处理，确保会计处理的准确性和合规性。