保护软件著作权的方法包括：
注册软件著作权
在国家版权局或相关机构注册软件著作权，为软件提供法律保护，使其具备法律效力。
保密措施
在开发过程中，采取必要的保密措施，限制对源代码和其他关键信息的访问，防止未经授权的复制和使用。
使用许可协议
通过使用许可协议，明确规定软件的使用范围、限制和授权条件，确保用户在合法范围内使用软件，同时限制未经授权的复制和分发。
版权声明
在软件中包含版权声明，明确标注软件的版权归属和保护信息，提醒他人注意版权问题，减少侵权的可能性。
加密和数字签名
对软件进行加密处理，防止未经授权的修改和复制。同时，使用数字签名技术，确保软件的完整性和真实性。
监测和维权
定期进行软件侵权监测，及时发现和处理侵权行为。如果发现侵权行为，可以采取法律手段维护自己的权益，包括发出警告函、提起诉讼等。
合理授权
如果希望其他人使用自己的软件，可以通过授权许可协议进行合理授权，明确规定使用条件和权益，确保合法使用和收益分享。
团队管理和保密协议
对于软件开发团队，建立严格的管理制度和保密协议，明确员工的责任和义务，保护软件的知识产权。
明确版权归属
明确软件与作品的创作来源，软件开发者享有软件著作权，而作品著作权的归属则以创作者为主。
法律保护
根据我国法律规定，软件著作权的保护期限为软件开发完成之日起，至软件首次发表之日止。
技术秘密保护
对软件产品或成果中的技术秘密，主动采取保密措施，避免技术泄露，确保技术秘密的法律效力。
市场保护
在软件产品进入市场之前进行申请软件著作权登记，防范被人抢先登记，保护自身权益。
通过以上方法，可以有效保护软件著作权，防止侵权行为的发生，确保软件开发者的合法权益。