寻找编码蛋白的软件可以通过以下几种方法：
使用NCBI的ORFfinder
打开NCBI官网，进入Sequence Analysis模块。
在ORFfinder工具中粘贴待查询的蛋白序列。
工具将显示可能的开放阅读框（ORF），从而帮助找到编码蛋白的序列。
使用Primer-BLAST
在NCBI官网，进入Primer-BLAST模块。
粘贴待查询的蛋白序列，并设定参数。
Primer-BLAST将提供可用于PCR引物设计的匹配序列信息。
使用R包Bioconductor
安装并加载R包Bioconductor中的org.Hs.eg.db。
使用`select`函数从org.Hs.eg.db数据库中选择所有共有蛋白质编码基因。
例如，使用以下代码：
```R
library（org.Hs.eg.db）
genes <- select（org.Hs.eg.db, keys="all"）
```
使用基因组浏览器和编辑器
Artemis：Sanger研究所提供的基因组浏览器，支持多种文件格式，并具有编辑序列注释和功能的能力。
Apollo：另一个基于Java的基因组浏览器和注释工具，属于Gmod项目的一部分，界面用户友好性较差。
NCBI Genome Workbench：一个完整且可自定义的工具，可以组织序列数据，并从NCBI数据库或自己的文件中检索项目。
这些工具和方法可以帮助你找到编码特定蛋白的序列，并进行进一步的分析。根据你的具体需求和熟悉程度，可以选择最适合你的工具。