会计控制计算机系统主要通过以下几个方面来实现：
日常控制
业务发生控制：采用相应的控制程序，甄别、拒纳各种无效的、不合理的及不完整的经济业务。在经济业务发生时，通过计算机的控制程序，对业务发生的合理性、合法性和完整性进行检查和控制。
数据输入控制：企业应建立一整套内部控制制度，对输入的数据进行严格控制，保证数据输入的准确性。数据输入控制首先要求输入的数据应经过必要的授权，并经有关内部控制部门检查；其次，应采用各种技术手段对输入数据的准确性进行校验。
数据通讯控制：防止数据在传输过程中发生错误、丢失、泄密等。
建立会计电算化岗位责任制度
建立公道严密的电算化系统的组织机构，完善组织控制体制，根据不相容职务相分离的原则，公道地进行岗位分工，明确岗位职责，确保权责分明。
根据《会计法》的要求，有计划地进行岗位轮换，相互制约，相互监视，最大限度地防范和化解会计工作风险。
建立会计电算化操纵控制制度
制定上机守则与操纵规程和留意事项，明确上机职员操纵会计软件的内容和权限，严格治理操纵密码，不与他人共享，并定期修改口令和密码。
操纵职员离开前应执行相应命令退出会计软件，非授权职员不得随意操纵计算机会计软件。
完善上机操纵日志并指派专人保管。
建立计算机硬件、软件和数据安全治理制度
硬件：配备运行效果理想、性价比最佳、售后服务好的品牌机；配备UPS不中断电源，保证数据库服务器和工作站有足够的延时保护；定期对有关的设备进行保养维护。其他工作职员不得随意使用电算化系统的设备上机操纵，专职工作职员不得在计算机上进行有损系统安全的操纵（如玩游戏等）。在未经批准的情况下设备和软件不得外借，不得私自拆卸机器。
通过以上措施，会计可以有效地控制计算机系统，确保会计信息的准确性、完整性和安全性，从而提高会计工作的效率和准确性。