在一国两制中，两种制度的关系可从以下角度综合理解：
制度定位与主体关系
一国两制以“一个中国”为前提，其中大陆实行社会主义制度，是国家的主体；香港、澳门、台湾保持原有的资本主义制度长期不变。社会主义制度是中华人民共和国的根本制度，具有主导地位。
长期共存与和平共处
两种制度在“一国”框架下长期并存，遵循“长期共存、和平共处”的原则，既不相互取代，也不存在高低优劣之分。这种安排旨在维护国家统一与社会稳定。
相互支援与共同发展
社会主义制度与资本主义制度在实践中形成互补关系。大陆通过政策支持帮助港澳台地区发展经济、改善民生，同时港澳台的成功经验也可为大陆提供借鉴。
政治与法律框架
在政治上，中央政府对港澳台拥有全面管治权；在法律上，两种制度分别适用各自的法律体系，但均受《中华人民共和国宪法》和基本法约束。
这一制度设计既体现了对历史和现实的尊重，也是中国特色社会主义理论体系的重要创新，为解决台湾问题提供了范例。