个人所得税代扣代缴手续费返还是指企业作为扣缴义务人，在代扣代缴员工个人所得税时，可以从税务机关按照一定比例（通常是所扣缴税款的2%）取得返还的手续费。这笔手续费作为企业帮助税务机关代扣代缴个人所得税的劳务费用，有以下几个关键点需要注意：
增值税处理
企业取得的手续费返还应作为公司收入，按照代理服务费计征增值税。一般纳税人适用6%的税率，小规模纳税人适用3%的征收率（疫情期间可能有优惠政策）。
企业所得税处理
企业取得的个人所得税手续费返还收入应计入企业所得税收入总额，并在用于相关支出如奖励办税人员等，在符合条件的情况下，可以在企业所得税税前扣除。
个人所得税处理
如果企业将手续费返还用于奖励办税人员，则免征个人所得税；若用于其他用途，则应按照相关规定缴纳个人所得税。
申请与审批流程
企业需登录自然人电子税务局（扣缴端），在“代扣代缴”界面选择左侧的“退付手续费核对”，然后按照提示操作，包括获取结报单、确认结报单、申请退库等步骤，最终将返还的手续费退回到指定的银行账户。
账务处理
收到手续费返还时，企业应借记银行存款，贷记其他收益或营业外收入，并计算应交增值税的销项税额。如果将手续费用于奖励办税人员，则需通过应付职工薪酬进行核算。
建议：
企业在处理个人所得税代扣代缴手续费返还时，应严格按照相关税收法规进行操作，确保税务处理的准确性和合规性。同时，企业应建立健全的财务管理制度，对手续费返还的收入和支出进行单独核算，以便于税务审计和财务分析。