软件收益的税务处理涉及多个税种和计算方式，具体如下：
增值税
一般纳税人：销售自行开发生产的软件产品，按13%的税率征收增值税，对实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
小规模纳税人：销售软件产品，按6%的征收率计算缴纳增值税（生产企业）或4%的征收率计算缴纳增值税（商业企业）。
企业所得税
软件销售收入计入企业的营业收入，相应的成本和费用在计算应纳税所得额时扣除，最后按照适用税率缴纳企业所得税。
其他税费
印花税：转让软件著作权的使用权按销售无形资产税目缴纳增值税，税率通常为11%，小规模纳税人征收率为3%。
个人所得税：个人出售软件著作权，区分转让使用权和转让所有权。转让使用权按“特许权使用费所得”缴纳个人所得税，税率为20%。
附加税：包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加等，这些税费的计算基于实际缴纳的增值税额。
税务处理与计算步骤
收入确认
确认软件运行收益的具体金额，包括销售收入、软件安装费、维护费、培训费等。
成本核算
计算软件开发的成本，包括软件开发、维护、升级等成本。
税率适用
根据企业类型（一般纳税人或小规模纳税人）和收入金额，选择适用的税率进行计算。
税务申报
将计算出的应纳税额进行税务申报，并缴纳相应的税款。
示例计算
假设某企业为一般纳税人，销售自行开发生产的软件产品，销售额为10万元，成本为6万元，增值税可抵扣进项税额为2万元。
增值税计算
销项税额 = 10万元 × 13% = 1.3万元
应纳增值税额 = 1.3万元 - 2万元 = -0.7万元（即征即退税额为0.7万元）
企业所得税计算
应纳税所得额 = 销售额 - 成本 = 10万元 - 6万元 = 4万元
应纳企业所得税额 = 4万元 × 25% = 1万元
附加税计算
应纳城建税 = 应纳增值税额 × 7% = 0.7万元 × 7% = 0.049万元
应纳教育费附加 = 应纳增值税额 × 3% = 0.7万元 × 3% = 0.021万元
建议
企业在进行税务处理时，应确保合规运营，合理规划税务成本，并及时了解税收政策的变化，以便及时调整税务策略。同时，建议咨询专业的税务顾问，以确保税务处理的准确性和合法性。