在自制PE中加载软件，可以遵循以下步骤：
准备软件和PE文件
将你想要添加到PE中的所有软件文件准备好，并放在一个大目录下。
如果使用虚拟光驱软件（如UltraISO），可以创建一个自启动光盘映像，并将软件文件添加到该映像中。确保文件数量不超过光盘总容量。
制作PE启动盘
使用刻盘软件（如Rufus）将自启动光盘映像刻录到U盘或其他可启动介质上。
确保U盘或其他介质能够启动计算机，并进入PE系统。
加载软件到PE
启动计算机并进入PE系统。
根据PE系统的不同，可能需要在PE中创建一个虚拟光驱或直接将软件文件复制到PE系统的某个目录下。
对于一些绿色软件，可以直接放到U盘的根目录下，然后在PE中运行。
自动搜索系统文件夹
在PE中运行软件时，系统会自动搜索软件的同一目录下以及PE系统的系统文件夹（如C:\WINDOWS\system32）。
如果软件需要系统核心文件，可能需要确保这些文件在PE系统中可用。
使用EasyBoot等工具
如果使用EasyBoot等工具来管理PE启动项，可以将PE的引导文件保存为特定的文件（如WINPE2003.bif），并将其放在EasyBoot的目录下。
将所有必要的文件提取到光盘根目录下，并按照EasyBoot的指南进行配置。
注意事项
确保PE的ISO镜像能够正常启动，并且所有必要的系统文件都在PE系统中可用。
如果遇到硬盘坏道等问题，可能需要使用其他方法（如GHOST）来备份和恢复系统。
通过以上步骤，你应该能够在自制PE中成功加载并运行所需的软件。如果在操作过程中遇到问题，建议查阅相关工具的官方文档或寻求专业人士的帮助。