软件公司纳税的主要步骤和税种如下：
纳税登记
软件公司在设立之初需要进行税务登记，获取纳税人识别号，并了解需要缴纳的税种，包括增值税、企业所得税、个人所得税、城市维护建设税和教育费附加等。
增值税
纳税人身份：软件公司可以选择成为一般纳税人或小规模纳税人。一般纳税人适用13%或6%的税率，小规模纳税人适用3%的税率。
计算：应纳税额 = 销项税额 - 进项税额。对于符合条件的软件企业，可以享受即征即退政策，即实际税负超过3%的部分可以申请退税。
企业所得税
税率：通常为25%，但对于高新技术企业可能有优惠税率，如15%。
计算：应纳税所得额 = 收入总额 - 成本 - 费用 - 税金 - 损失 - 其他扣除。研发费用加计扣除，通常可按实际发生额的175%在税前扣除。
优惠政策：国家鼓励的软件企业，自获利年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收即12.5%税率征收企业所得税。
个人所得税
计算：应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数。软件公司在支付员工工资、奖金和其他收入时需代扣代缴个人所得税。
其他税费
城市维护建设税和教育费附加：根据增值税、消费税和营业税等计算，城市维护建设税税率为7%，教育费附加税率为3%。
纳税申报与缴纳
申报周期：申报周期通常为月度或季度，软件公司需在规定时间内通过电子税务局提交纳税申报表。
年度汇算清缴：一年结束之后，要对全年的收入和支出做个汇总，然后进行汇算清缴。
税务会计与报表
软件公司需建立健全的财务会计制度，确保所有经济活动都有相应的会计记录，并编制财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表，为纳税申报提供依据。
合理利用税收优惠政策
软件公司应关注政府发布的税收政策变动，及时调整会计处理方式，如研发费用加计扣除等，以有效减轻税负。
建议：
软件公司应确保所有税务行为都在法律框架内进行，避免任何法律风险。
定期更新和维护财务会计系统，确保准确记录和报告收入和费用。
合理利用税收优惠政策，及时申请相关税收优惠，降低税负。
关注政府发布的税收政策变动，及时调整会计处理方式和纳税申报策略。