在软件中考虑行波效应的方法主要涉及建立非线性动力学模型、采用大质量法、设置边界条件以及进行仿真计算。以下是几种常见的方法：
大质量法
在地基节点上附加很大的质量（例如结构质量的10^6倍），以带动结构的响应。地基节点在激励方向不可约束，然后在质量单元上施加适当的力使得地基产生所需加速度。通过这种方法，可以使结构的质量相对于附加质量来说可以忽略不计，从而将施加于基础上的加速度近似施加到整个结构上。
非线性动力学模型
建立线-桥结构的非线性动力学模型，基于结构组成及其受到的外力等因素，通过基本方程建立行波效应下的非线性动力学模型。使用有限元软件（如ANSYS、ABAQUS）进行仿真计算，绘制结构图、网格化，设置材料参数及各类边界条件。
随机分析
采用功率谱密度作为输入的谱分析，确定响应出现特定值的概率大小。输入值包括结构的自然频率及模态，输出值以位移和应力表示最可能出现的结构响应。通过定义正弦波的“基础加速度”，模拟行波效应。
拓扑优化
建立拓朴优化模型，将杆件应力符合杆件防烈度、场地条件，利用三角级数法，加入相干函数以及包络函数因素人工合成非平整均匀场地考虑行波效应的空间地震动时程曲线，并将其转化成带有行波效应的随机激励加速度值。通过有限元软件进行结构建模和拓扑优化，以优化结构设计。
弹性和弹塑性地震反应分析
对大跨空间结构进行数值建模和分析，采用有限元软件（如ANSYS）进行分析，建立行波效应模型，将其纳入到分析模型中进行研究，并考虑结构弹塑性特性，进行弹性和弹塑性的地震反应分析。
在实际应用中，可以根据具体需求和计算资源选择合适的方法。对于大型复杂结构，通常需要结合多种方法进行综合分析，以获得更准确的结果。此外，建议在软件中设置合适的边界条件和材料参数，以确保模拟结果的可靠性。