南京的软件公司主要集中在以下几个区域：
玄武区、鼓楼区、建邺区和雨花台区：
这些区域是南京软件行业的主要集聚地，拥有众多软件开发企业，涵盖了云计算、大数据、人工智能等多个领域。
南京高新区和江宁区：
这些新兴区域也在积极发展软件产业，成为软件公司的重要发展基地。
浦口高新区：
这里有南京软件园和南京大学鼓楼科技园等，集中了不少软件企业。
珠江路的江苏软件园：
这是南京较为知名的软件园之一。
板仓街的世界之窗软件园和定淮门的世界之窗软件园：
这两个软件园也聚集了不少软件企业。
徐庄软件园：
虽然存在争议，但也是南京软件产业的一部分。
南京软件谷：
位于中国（南京）软件谷的软件大道两侧，聚集了中兴、华为等一批龙头企业，以及4542家涉软企业和36万名涉软从业人员。
综上所述，南京的软件公司主要集中在玄武区、鼓楼区、建邺区、雨花台区、南京高新区、江宁区、浦口高新区、珠江路的江苏软件园、板仓街和定淮门的世界之窗软件园、徐庄软件园以及南京软件谷等地。这些区域为软件公司的发展提供了良好的基础设施和支持环境。