军婚协议离婚的流程如下：
申请
由要求离婚的军人提出离婚申请。
调解
相关政治机关进行调解，调解无效的，由部队团级以上单位的政治机关出具同意离婚的证明。
提交材料
军人携带军官证或士兵证、身份证、婚姻情况证明，另一方带身份证，以及双方的离婚协议书，到民政部门的婚姻登记处办理离婚手续。
审查
婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
建议：
在整个过程中，确保所有文件齐全且有效，特别是离婚协议书要详细载明双方自愿离婚的意思表示以及对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。
如果军人一方有重大过错，可以依据《民法典》第一千零八十一条的规定，配偶可以不经军人同意直接提起离婚诉讼。