刷变速箱程序存在以下风险：
变速箱过热：
部分车主为了提高车辆的加速效果，可能会选择更为激进的换档程序，这会导致变速箱温度过高，从而缩短变速箱的使用寿命。
顿挫感增加：
清除变速箱记忆后，车辆需要重新适应驾驶者的风格，这可能导致一段时间内车辆换挡不顺畅，产生顿挫感。
油耗上升：
刷变速箱程序可能会改变变速箱的工作逻辑，导致油耗增加。
性能不稳定：
刷ECU可能会导致发动机性能不稳定，例如油耗增加、寿命缩短。
电子程序不稳定：
刷程序后，汽车电子程序可能变得不稳定，导致车辆容易发生故障，各种故障灯可能会经常亮起。
非法改装风险：
刷变速箱程序属于非法改装，如果被交警抓到，可能会面临处罚。
冷却系统压力增加：
发动机为了适应新程序而进行的超频运转，对冷却系统的依赖性增强。如果不配备适当的冷却系统升级，可能会对发动机的耐久性产生负面影响。
质保问题：
4S店通常不会为由非法或非官方程序引起的车辆问题提供质保，这意味着刷程序的车辆在出现故障时，车主可能需要自掏腰包进行维修。
综上所述，刷变速箱程序虽然可能带来一些性能上的提升，但同时也伴随着多种潜在风险。因此，除非有特别的需求，否则不建议随意刷变速箱程序。如果确实需要刷程序，建议选择正规渠道和专业人员进行操作，以减少潜在的风险。