水利施工变更程序通常包括以下几个步骤：
变更的提出
在合同履行过程中，当可能发生变更约定情形时，监理人可向承包人发出变更意向书。
发包人同意承包人根据变更意向书要求提交的变更实施方案的，由监理人发出变更指示。
在合同履行过程中，发生变更情形的，监理人应向承包人发出变更指示。
变更指示
变更指示只能由监理人发出。
变更的估价原则
需要遵循一定的原则对变更进行估价。
变更资料
变更过程中需要准备和提交的资料包括变更指示、变更申报表、变更项目价格申报表、变更项目价格审核表、变更项目价格/工期确认单、工序/单元工程施工质量报验单、工程计量报验单、变更项目进度付款明细表、工程进度付款申请单、工程进度付款证书等。
变更的审查与评估
施工单位根据实际情况提出变更申请后，建设单位需对其进行审查和评估，确定是否批准。
监理单位对施工单位的申请进行审查，包括变更或调整的必要性、技术可行性、经济合理性等，并将审查通过的申请报送业主单位审批。
批准与实施
经过审查和评估，建设单位可批准施工变更，施工单位负责实施变更。
施工单位根据变更后的设计进行施工，并确保资料完整。
验收与归档
施工变更完成后，需要进行验收和归档，确保所有变更记录和资料齐全。
审批权限
业主单位根据变更或调整的规模、技术难度等因素，确定是否需要上报上级主管部门审批。
根据工程规模、重要性等因素，确定审批权限，一般由建设单位、监理单位或上级主管部门审批。
这些步骤确保了水利施工变更的规范化管理，保障了工程质量和进度。建议在实际操作中，各方应严格按照程序执行，确保变更的合理性和有效性。