原生小程序主要使用 JavaScript作为开发语言。微信小程序的核心技术栈包括JavaScript、WXML（微信标记语言）和WXSS（微信样式表）。其中，JavaScript负责小程序的逻辑控制、数据处理和界面交互等操作，WXML用于描述小程序的结构，WXSS用于定义小程序的样式。
此外，虽然存在关于使用HTML和CSS进行小程序开发的讨论，但这些通常是指使用微信小程序的原生开发框架，实际上仍然是以JavaScript为主。
因此，对于原生小程序开发，JavaScript是最主要的编程语言，开发者可以利用现有的前端框架和库（如Vue.js、React等）来提高开发效率。同时，掌握WXML和WXSS也是非常重要的，因为它们能够帮助你更好地设计和实现小程序的用户界面和样式。