海上作战指挥程序主要包括以下几个方面：
战斗的组织准备
制定详细的作战计划，明确各阶段的任务和目标。
确保兵力、兵器和装备处于良好状态，随时准备投入战斗。
进行战斗动员，提高士兵的战斗意志和准备情况。
指挥兵力出航（起飞）、航渡、展开、攻击和反攻击
根据作战计划，组织兵力按时出航，确保航行安全。
在航渡过程中，保持与指挥部的通信联络，及时调整航向和速度。
到达预定海域后，迅速展开兵力，形成战斗队形。
根据敌情和战场态势，果断发起攻击或进行反攻击。
战斗结束后的撤收兵力
完成战斗任务后，及时组织兵力撤收，确保人员安全和装备完好。
对战斗过程进行总结，评估作战效果，吸取经验教训。
指挥手段
采取隐蔽指挥手段，确保指挥系统的有效工作。
积极开展电子对抗和水声对抗，迷惑和压制敌方指挥系统。
及时下达预先号令，使部队能够迅速理解并执行作战意图。
协同和保障
周密组织各兵种和作战部队的协同作战，确保行动一致。
合理安排各种保障资源，确保战斗行动顺利进行。
通信联络
建立稳定的通信联络，确保指挥信息的及时传递。
使用多种通信手段，确保在复杂电磁环境下的通信畅通。
总结与评估
战斗结束后，及时进行总结和评估，分析战斗中的得失。
将经验和教训通报部队，提高未来作战的能力。
这些程序确保了海上作战的有序进行和战斗目标的顺利实现。指挥员需要具备高度的责任心和指挥能力，严格按照指挥程序行动，以确保作战的成功。