监查工作程序主要包括以下几个环节：
立项
确定需要检查的事项，并进行书面立项。
对于重要检查事项，需报本级人民政府和上级监察机关备案。
制定检查方案并组织实施
制定全面细致、切实可行的检查方案。
组织调查班子，必要时聘请专业技术人员参加。
采取相关措施，如要求被监察对象提供文件、账册、资料，并作出解释、说明，责令违法者停止违法行为等。
报告检查情况
将检查结果制作成文字材料，上报本级人民政府或上级监察机关。
作出监察决定或提出监察建议
根据检查结果，作出相应的监察决定或提出监察建议。
这些程序旨在确保监查工作的合法性、规范性和有效性，以便及时发现问题、解决问题，并促进被监察对象遵守和执行法律、法规和人民政府的决定、命令。