违反程序办案的处理方式主要取决于违法的性质、严重程度以及造成的后果。以下是可能的处理方式：
开除公职
对于办案人员程序违法，特别是民警违法办案，一旦被发现，通常会被开除公职。
内部处分
法官程序违法可能会受到内部处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职，甚至开除。
法律责任
程序违法若造成严重后果，如侵犯公民诉讼权利或导致错判，可能涉及刑事责任，如民事、行政枉法裁判罪。
上诉或申诉
当事人对于违反程序办案的判决或裁定，可以依法向上一级法院提起上诉或通过审判监督程序申诉。
重新审判或处罚
对于违反法定程序的行政处罚，上级行政机关可以责令改正，并对直接责任人员依法给予行政处分。若给当事人造成损失，可申请国家赔偿。
撤销原判
在某些情况下，如违反法定程序严重影响公正审判，二审法院可以裁定撤销原判，发回原审法院重新审判。
赔偿
程序违法给当事人造成损害的，违法者应当承担赔偿责任。
综上所述，违反程序办案的处理方式多样，具体处理取决于案件的具体情况、违法的性质和严重程度，以及法律的相关规定。建议相关人员在办案过程中严格遵守法定程序，以避免可能的法律责任。