公房改造程序通常包括以下步骤：
前期准备工作
当地市、县级人民政府及其相关部门对棚户区房屋实际情况进行调查，编制改造计划，并上报重要项目建筑指挥部办公室。该办公室会召集其他相关部门一起对改造计划的可行性和公益性进行审查。
征询意见、办理手续
改造计划经确认后，当地市县级人民政府需要组织相关部门对改造项目范围内的房屋所有人和公房承租人进行征询意见。若大部分房屋所有人和公房承租人都同意改造，则政府可以确定相应的拟征收范围。在确定要改造之后，当地各部门会简化审批手续，加快棚户区改造项目的推进。
暂停办理，调查登记
在确定征收范围后，当地市县人民政府会发布暂停公告，要求在一年内禁止抢建、扩建、新建房屋等行为。同时，房屋征收部门还会组织对要征收的房屋进行实地调查，并予以公告。
征询方案，预签协议
棚户区改造中需要制定安置补偿方案，并征求被征收人的意见。如果被征收人对该方案不满意，可以以书面形式提交意见书。多数被征收人都有意见的，征收方还需要举行听证会，并就听证会和公民意见修改方案。方案通过后，征收方会组织被征收人签订附生效条件的预征收协议。
决定征收或补偿
在市、县级人民政府作出征收决定后，预征收协议就会生效。签订了协议的，征收方会按照协议进行补偿；未签订协议的，则由相关部门重新作出补偿决定。
强制执行
如果在征收补偿决定规定的期限内不搬迁，征收方可以申请人民法院强制执行。
此外，如果是校内公有房屋装修改造，流程可能会有所不同，但一般包括以下步骤：
前期准备工作
确定项目装修改造方案及内容，根据上一年度确定的修缮计划，初步论证实施可行性，确定装修改造方案，细化实施内容，并报相关部门通过。
填报公房装修申请表
后基处、保卫处、资实处等相关部门对方案进行签审，资实处房屋修缮计划管理科审核材料标准及工程量清单并签审，资实处主管处领导签批。
确定施工单位
预算20万元以下的项目按照“校内分散采购流程”办理，预算20万元以上的项目按照“学校公开招标流程”办理。
这些步骤确保了公房改造过程的合法性、公正性和透明度，保障了相关权益人的合法权益。